Zu Beginn der 1940er Jahre wurden die Gaue von den Nationalsozialisten aus Gründen der Verwaltungsvereinfachung und aus Personalmangel aufgrund des Krieges aufgelöst, lediglich der Reichsverband blieb bis 1945 bestehen.
Für den badischen Verband findet sich im Vereinsregister folgender Vermerk zur Auflösung: „In der Anlage überreichen wir Ihnen in zweifacher Fertigung ein Protokoll über die am 29. August 1941 hier stattgefundene Mitgliederversammlung des Reichsverbandes für Deutsche Jugendherbergen, Landesverband Baden e.V., wegen Auflösung des Vereins. Wir beantragen hiermit Eintragung des Auflösungsbeschlusses im Vereinsregister. Gleichzeitig stellen wir Antrag auf Eintragung als Liquidator des Unterzeichneten als bisherigen Vorstand des Vereins.“… Das Registergericht in Karlsruhe verzögerte so lange wie möglich die Übertragung der bisherigen Eigentumsverhältnisse der badischen Eigenheime auf den Reichsverband Berlin-Charlottenburg – mit Hinweis auf kriegsbedingten Personalmangel.
Am 16. März 1942 beendete die Übernahme des Reichsverbandes für Deutsche Jugendherberge, Landesverband Schwaben durch die Hitler-Jugend, Gebiet Württemberg (20) Hauptabteilung VI, auch die Eigenständigkeit des schwäbischen Verbandes endgültig. Geschäftsführer Schairer, der inzwischen auch Gebietsbeauftragter für die erweiterte Kinderlandverschickung geworden war, war im Dezember 1941 im Alter von 44 Jahren gestorben. Aus einem Schreiben an die Mitglieder des Ortsverbandes Stuttgart in diesem Zusammenhang geht hervor, dass vermutlich kriegsbedingt sowieso nur noch wenige Mitarbeiter in der Dienststelle tätig waren. Es wurde in der Folgezeit zwar noch ein Stammführer Bruhn als Landesverbandsleiter erwähnt, sämtliche Zahlungen und der Geschäftsverkehr liefen aber ab diesem Zeitpunkt über die Hitler-Jugend, in deren Räume auch die restlichen Sachbearbeiter umzogen.
Danach existieren keine Dokumente mehr bis nach dem Ende des Zweiten Weltkrieges. Auf einer geleerten Akte „Landesverband Schwaben, DJH, 1917 – 1924 (Landesverband = früher Zweigausschuss, später Gau)“ findet sich der Vermerk „Der wichtigste Schriftwechsel mit den Zweigausschüssen (Gauen) bis 1932 ging mit der Überführung der Verbandsgeschäftsstelle an die Reichsjugendführung nach Berlin. Dort aber wurde er als lästiger Plunder behandelt und ging restlos verloren.“ – sei es durch Vernichtung seitens der Hitlerjugend, sei es durch die Zerstörung des Hauses im Luftkrieg. Das Gleiche gilt für die zwischen 1933 und 1945 in der Reichsjugendführung angefallenen Akten.

Wehrte sich das Reichsherbergswerk 1936 noch vehement gegen die Einquartierung des Militärs, um den eigentlichen Zweck der Jugendherbergen zu bewahren, wurden die Häuser im Verlauf des Krieges komplett zweckentfremdet. Selbst die Hitlerjugend musste weichen. Die Häuser dienten als Kinderlandverschickungsheime, als Notunterkünfte für Ausgebombte und Flüchtlinge und sogar als Behelfskrankenhäuser.
Durch die massive Bombardierung der Industriestädte von England her wurde die Schuljugend in Baden zu ihrem Schutz in Kinderlandverschickungslager gebracht, wozu viele Jugendherbergen umgewandelt worden waren. Im südlichen Schwarzwald dauerte es bis zu einem Jahr nach Kriegsende, bis die Kinder zurück zu ihren Familien geschickt werden konnten und die Häuser wieder frei wurden. Auch die Jugendherbergen in Schwaben waren seit Kriegsbeginn zunehmend mit Teilnehmern der erweiterten Kinderlandverschickung belegt.
Während des Krieges wurde aus Sicherheitsgründen die Geschäftsstelle des Gaues Baden über den Rhein nach Straßburg verlegt.

Im Jahr 2000 trat der Landesverband Baden-Württemberg der „Stiftungsinitiative Deutsche Wirtschaft“ bei, weil aufgrund der nicht mehr vorhandenen Dokumente nicht ausgeschlossen werden kann, dass in der Zeit des Dritten Reiches in den Jugendherbergen auf seinem Gebiet Zwangsarbeiter beschäftigt wurden.